Espécies endémicas de um território são aquelas cuja área de distribuição natural está toda contida nesse mesmo território. Assim, as espécies endémicas de Portugal, apenas ocorrem no nosso País e em mais nenhum lugar no Mundo.

Lista Naturdata de espécies endémicas de Portugal:

Mamíferos Nyctalus azoreum Morcego-dos-açores – Arquipélago dos Açores
Aves Columba trocaz Pombo-da-madeira – Ilha da Madeira
Pterodroma madeira Freira-da-madeira – Ilha da Madeira
Pyrrhula murina Priôlo – Ilha de São Miguel
Répteis Lacerta dugesi Lagartixa-da-madeira – Arquipélagos da Madeira e Açores
Tarentola bischoffi Osga-das-selvagens – Ilhas Selvagens
Peixes Achondrostoma occidentale Ruivaco-do-oeste – Rios do Distrito de Lisboa
Achondrostoma oligolepis Ruivaca – Rios do Oeste e Norte de Portugal
Hydrolagus lusitanicus Quimera-lusitana – Costa do Algarve
Iberochondrostoma lusitanicum Boga-portuguesa – Bacias do sudoeste de Portugal
Insectos Ariasella lusitanica Mosca – Gilmonde
Chrysolina fragariae Escaravelho – Arquipélago da Madeira
Cryptocephalus crenatus Escaravelho – Arquipélago da Madeira
Cyrtonus elegans Escaravelho – Sul de Portugal
Cyrtonus versicolor Escaravelho – Portugal Continental
Halictus frontalis Abelha – Arquipélago da Madeira
Hipparchia azorina Borboleta – Arquipélago dos Açores
Psylliodes azoricus Escaravelho – Ilha do Faial
Tethina lusitanica Mosca – Norte de Portugal
Timarcha lusitanica Escaravelho – Portugal Continental
Aracnídeos Anapistula ataecina Aranha – Grutas do Sistema do Frade, Sesimbra
Araneus hortensis Aranha-de-teia-radial-das-hortas – Arquipélago da Madeira
Dysdera alentejana Aranha – Alentejo interior
Harpactea algarvensis Aranha – Serra do Caldeirão
Harpactea stalitoides Aranha – Distrito de Faro
Hogna ingens Tarântula-das-desertas – Ilha Deserta Grande
Hogna insularum Aranha – Arquipélago-da-madeira
Plantas Armeria berlengensis Arméria-das-berlengas – Arquipélago das Berlengas
Armeria maderensis Arméria-da-madeira – Ilha da Madeira
Armeria pseudarmeria Cravo-romano – Região de Sintra e Lisboa

Pelas nossas características geográficas, consideramos que faz todo o sentido juntar a esta lista, a lista de espécies endémicas da Península Ibérica e Macaronésia presentes em Portugal

Lista Naturdata de espécies endémicas da Península Ibérica e Macaronésia presentes em Portugal:

Mamíferos Lynx pardina Lince-ibérico – Centro e Sul da Península Ibérica
Aves Anthus berthelotii Corre-caminhos – Macaronésia
Répteis Lacerta schreiberi Lagarto-de-água – Norte da Península Ibérica e Sistema Central
Anfíbios Chioglossa lusitanica Salamandra-lusitânica – Noroeste da Península Ibérica
Lissotriton boscai Tritão-de-ventre-laranja – Oeste da Península Ibérica
Triturus pygmaeus Tritão-pigmeu – Sudoeste da Península Ibérica
Insectos Hyphoraia dejeani Borboleta – Península Ibérica
Aracnídeos Cyclosa maderiana Aranha-de-teia-radial-da-madeira – Arquipélagos da Madeira e das Canárias
Tetragnatha fuerteventurensis Aranha – Arquipélagos da Madeira e das Canárias
Plantas Lotus glaucus Trevina – Arquipélagos da Madeira e das Canárias